《南笙归》讲述的是一个人妖相恋的故事，南笙是一个修行千年的鲤鱼精。
她本来清心寡欲，修行千年，只要悟出自己的道，便可飞升为仙。
为此，她来到人间寻求答案，希望遇到机缘，悟得自己的道。
她在人间游历数载，知道了凡人如何生活，如何学习，她对这一切都很感兴趣，甚至有些忘了自己来人间的初衷。
她也因此，与一个书生相识相恋。当年，书生上京赶考，路遇大雨，正好走到南笙的小院，便请求进入避雨。
南笙心中并没有什么男女授受不亲的意识，她也是一时好心，才会让他进来。
大雨下了三天，书生也在南笙的小院住了三天，缘分使然，两个人竟然就在这里彼此有了心意。
只是，书生离开之时，南笙并没有挽留，也没有说出自己的心意，她深知人妖殊途的道理，只能忍痛放手。
书生一脸落寞地离开，之后上京赶考，一举高中，就连皇帝都很赏识他的才华，甚至有意将公主许配给他。
但书生拒绝了，他跟皇帝讨要了一个官，专门去南笙那座小城上任。
皇帝同意了，书生如愿以偿成为那个地方的县官。
在那之后，书生经常前往南笙的小院，皆以喝茶为名义，实则是为了陪伴美人身侧。
所谓烈女怕缠郎，就算是修炼千年的女妖也不例外，在书生十年苦苦的守候之后，南笙终于被感动，答应嫁给他。
那场婚礼空前盛大，书生十年间已经从县官成为知府，存下的银钱，全都用来置办婚礼。
书生的双亲早逝，身边只有一位恩师，婚礼皆由恩师操办，书生也将他当作父亲一般看待。
只是，这位恩师却极不喜欢南笙，总觉得她是红颜祸水，迟早有一天会害了书生。
他劝书生很多次，要他离开南笙，可书生态度却异常坚决，最后，恩师只能无奈地同意他迎娶南笙。
婚后，二人伉俪情深，恩爱无比。南笙本以为，自己能够陪伴书生，直到他老死的那一天。
可上天又如何能容忍这样的事情发生，二人成婚后的第五年，那位恩师意外地发现了南笙的秘密。
然后在仓皇逃窜时，不幸跌入水塘淹死。大家都指责是南笙的错，书生维护南笙，也被牵连怪罪。
最后，书生辞官，带着南笙回了老家，希望以此保护南笙。
怎料，意外接踵而来，因为书生与妖相恋，长久相处间，他多少都被妖气侵袭，最后回到家乡时，便一病不起。
南笙为了救活丈夫，甚至前往龙宫盗取灵药，只是，依旧没有救回书生的命。
南笙追至冥界，在冥界，书生的鬼魂知道了南笙的身为女妖的秘密，却依旧跟她约定来世相见的诺言。
只是，书生这般执迷不悟，已然触怒了上天的天神，意要将书生打入十八层地狱受苦。
南笙哭求书生放弃她，这样便可前去投胎，可书生不愿。
南笙不想书生为自己受苦，便从将书生直接退入转生台，书生没有喝孟婆汤，便带着记忆转生。
天神不能容忍这样的事情发生，想要降下早夭的诅咒，让书生尽早回到冥界，再次喝下孟婆汤。
南笙苦苦哀求天神不要，她愿意以自身千年的修为，换得书生转世平安，也愿意亲自灌下孟婆汤给他。
最后，天神同意了，南笙被夺取了千年修为，重新打回原形，化作一尾锦鲤。
她从忘川河游往人间，然后出现在了一处富贵人家的宅子里。
书生的转世已经成年，十几年来，他一直在寻找南笙的下落，却一无所获。
一日，他在自家的院子池塘里发现一条漂亮的锦鲤，他想起了南笙，便将锦鲤捞起，养在了书房的大瓷缸里。
殊不知，那锦鲤便是他苦苦寻找的挚爱。
南笙待在瓷缸中，每日清晨便会看见书生前来给她投喂，她想，若是一直这样，她也愿意。