孙策平定了江东之后，周瑜就建议这军制要改革一下，孙策采纳了周瑜的建议，将军队分成中军，卫军，左军等等。
中军相当后来禁军，卫军相当于地方保安军，左军相当于后备军。
中军则由周瑜统领，兵马数万不等，将程普，黄盖，董袭，凌操，周泰，蒋钦，陈武，等等十余人武将编入中军，主要任务是对外战争和平息叛乱。
卫军则由孙贲统领，兵马万余，韩当，祖茂，孙辅，孙河，吕范等等数人武将编入，负责江东地方，
左军则有朱治统领，兵马数万，由朱然，全柔，全踪，邓当，吕蒙等等将领编入，为后备补充军。
周瑜的军制改革后就避免了军制混乱，将领职责不清的问题。
孙权上任后，江东就发生了叛乱，孙权就叫周瑜领兵去剿，周瑜将中军分成二路，一路由自己亲自带队平定山越，一路由程普领军攻打江东的地方军阀叛乱。
平定江东花了三年时间，平定叛乱后，周瑜论功行赏就封了个大都督，组水军，攻打江夏黄祖。
公元203年攻打了黄祖无功而返，周瑜也是压力巨大，眼看曹操击败了袁绍，四州之地，不用几载就能扫清余党，曹操的铁蹄是用不了几年就会踏上荆州的土地，如果这在这数年之内不能打下荆州，江东的士人集团人心就会浮动，江东政权就危危可及。
周瑜问道：“主公攻打江夏黄祖，你有何建议。”
鲁肃道：“这个打仗，我不是很在行，黄祖打不下来，一是有高城，二是兵马众多，粮草充足，有刘表后援，三是黄祖在江夏经营的有声有色的，要想打败黄祖夺取江夏郡，那就得他内部将领着手想办法，硬打是没有办法的。”
周瑜道：“黄祖用的都是嫡系人马，而且都和他沾亲带顾的，打仗没有什么能力，但是防守倒是在行的很，使用一些军策并不能奏效，搞离间也很难找到空子。”
鲁肃道：“黄祖虽然经营的还不错，但是他任人为亲，肯定有一些有能力的，不受重用的，咋们想办法联系一下，或许可以策反了。”
周瑜说：“我想到一个人，叫甘宁的，以前是做水贼的，我们这次出征差点就捉住黄祖了，是这个人带了一帮人马，把黄祖救下了，这个人的武功不在太史慈和周泰之下，不知道现在官任何职。”
鲁肃说：“我知道周泰这个人以前就是做水贼的，要他去打听一下，现任黄祖何职，如果职位太小，可以进行策反，为我江东所用，至于黄祖的其他将领，先摸清他们的底细，假如跟黄祖有隙，我们可以利用起来。”
周瑜说：“明天我去找周泰问问，必竟是黄祖的将领，对黄祖的布防情况和武将弱点还是比较熟悉，若是能策反成功，为我江东所用，又是主公一大助力。”
鲁肃说：“现在江东军打过荆州，夺取荆州七郡，有点力不从心，我还是建议主公跟刘表联合共同抗曹。”
周瑜说：“现在说这个还为时过早，曹操平定北方至少还要个几年，曹操要扫清北方袁绍的遗孤和余党，又要恢复北方的生产，咋们还有几年时间打荆州，只要把刘表的镇北军打垮了，夺下了江夏郡就打开了入荆州的一块跳板，再不济，我们也可以在江夏布重布，划江而治，曹操过江东就没有那么容易。”